Një vit pas Luftës IV Botërore, një bombë shpërthen në Newport City-n, duke vrarë një komisioner armësh i cili dyshohet të ketë lidhje me organizatën misterioze 501. Oficeri i Sigurisë Publike, Aramaki, punëson hakeren e jashtëzakonshme me trup të plotë kibernetik, Motoko Kusanagi, për të udhëhequr hetimet.